在大部分猪场的大部分时间里，病原微生物都是以较低的水平存在;由于猪群本身有自然免疫力，因此这些病原微生物的存在一般不会引起什么麻烦。与病原存在的不可控相比，疾病爆发以及因此而导致的生产损失可以通过以下手段得以控制：
1、将环境中的病原维持在较低水平，并增强猪群的自然免疫力;
2、通过加强营养、改善猪舍环境和加强饲养管理或者偶尔采用抗病育种手段降低种猪对疾病的易感性。
疾病在猪群中爆发初期造成的损失往往最大。然而，有时猪个体的免疫力却在疾病减轻时消失，日龄较小的生长猪此种情况尤为突出，因此繁殖群对那些持续困扰育肥猪场的疾病可能有很强的抵抗力;在猪群的免疫水平下降时，最初致病的病原体趁机再次侵入而引起疾病复发，使该病在猪场呈现周期性发作。优秀的管理能够使猪群保持较强的免疫反应而不发病。而对一些疾病来说，保持猪群不生病和防止病原侵入是很划算的。对引入猪群来说，让它们在好几十年里都不患一点疾病是可能的，这些疾病包括传染性肠胃炎、伪狂犬病、猪痢疾、萎缩性鼻炎、虱子、疥螨、链球菌脑膜炎、放线杆菌(嗜血杆菌)胸膜肺炎、钩端螺旋体病、布氏杆菌病和沙门氏菌病以及主要疫病，如口蹄疫、古典猪瘟和非洲猪瘟。
有些疾病能通过实施扑杀措施将之从发病地区彻底根除，如发生猪瘟和口蹄疫时，伪狂犬病和猪水疱病在有些情况下也可以采取这种措施。同样，一些病原微生物，如引起猪痢疾和疥廯的这些病原体能通过管理和用药措施将之从猪场中根除。而对于健康水平较高，没有重要疾病的猪场来说，将这些疾病永远拒之门外尤为重要，因为这个猪群有免疫力。如果猪群已经感染，后果就会非常严重。例如，爆发支原体肺炎和防线杆菌(嗜血杆菌)胸膜肺炎的猪群所在场所，在此之前这些病原体是不存在的。
